生物系统中的蛋白质通常以化学上相关但不同的蛋白质异质混合物形式存在，这种情况下很难将蛋白质定义为单一实体，更恰当的做法是将其理解为相关分子的“家族”。这一概念与内源小分子的有所不同，其被测量是单一实体，且校准物质与被测量完全相同。设计蛋白质或肽质谱分析方法的第一步是定义要测量的确切蛋白质形式或蛋白质形式集合。

蛋白质形式通常定义不清楚，这是从头开始表征的有限性造成的。例如，尽管生物标志物发掘能揭示某些蛋白质形式与疾病状态之间的关系，但蛋白标志物的许多蛋白质形式的确切结构目前可能都是未知的。虽然我们会发现单一的蛋白特征性肽代表的蛋白质与疾病相关，但疾病相关的蛋白质形式也许只有一种，只是这种也包含相同的蛋白特征性肽的蛋白质形式尚未被识别。

蛋白质在体内和体外形成的翻译后修饰也会影响检测和定量。这些结构修饰会形成临床相关的位点并成为相关蛋白质形式和被测量的一部分。开发临床方法时，区分天然修饰（体内）和样本前处理过程中产生的修饰（体外）很重要。由蛋白质形式对定量产生的影响不仅仅与质量变化有关。体外修饰不仅会改变监测质量，可能也会影响前处理富集过程中分析物的亲和力、酶消化效率和离子化效率。为避免定量误差，必须避免人为的体外修饰。准确定义被测量使得检测的终端用户能够将该测量结果放入生物背景中并评估任何限制。

最后，在蛋白质或肽定量中，被测量限定了生化和生理特征，影响工作流程、内标和校准物的选择以及方法开发。严格定义被测量对于开发支持临床使用和监管批准的验证实验至关重要。

和在分析化学中一样，定义蛋白质被测量要求规定单一蛋白质形式进行完整蛋白质测量，或者将蛋白质与代理肽相关联，而这些肽只能对完整蛋白质化学转化后才能进行测量。典型的描述明确说明了分析物、将对其进行评估的基质，以及被检测到的分析物形式。表2显示了如何定义被测量（即，在基质中检测到的分析物形式）。表2中的示例代表了一系列工作流程，但并不全面。